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本文聚焦于利用组学技术与机器学习相结合的路径,探索如何在慢性肾病领域实现成本效益更高的精准医学。该文详细分析了不同组学层面的特征、支持慢性肾病研究的国际合作项目、机器学习在复杂组学数据分析中的应用,以及从经济角度评估人工智能驱动发现的成本效益,为慢性肾病的早期检测、风险预测和个性化治疗提供了系统性解决方案。研究强调了多学科协作和严格验证的重要性,提出了从组学数据到临床实践的转化路径,旨在提升患者预后并减轻医疗系统负担。

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慢性肾病是全球公共卫生领域的重大挑战,影响约10%的人口,并预计到2050年将成为全球第五大死因。其主要诱因包括糖尿病和高血压,而心血管疾病是慢性肾病患者死亡的首要原因,占比近50%,远高于正常肾功能人群的26%慢性肾病早期症状不明显,疾病进展可能导致不可逆的肾损伤,需依赖昂贵的肾替代治疗,如透析,这对医疗系统、环境及患者生活质量造成了巨大负担。传统基于病因、肾小球滤过率和白蛋白尿分类的慢性肾病分级方法难以捕捉疾病进展和治疗反应的多样性。与之相比,组学技术(基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学以及空间组学)通过全面分析基因、转录本、蛋白质和代谢物,产生了海量数据,大幅提升了对慢性肾病机制的理解,并推动了生物标志物的开发。2023年底,欧盟PHSSR专家组发布的政策建议强调了预防和早期检测非传染性疾病(如慢性肾病和心血管疾病)的必要性,这为人工智能和机器学习在医疗领域的应用提供了契机。然而,现有综述多集中于电子病历或肾病概览,鲜有针对慢性肾病组学研究的深入探讨,本文填补了这一空白。

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文章首先详细介绍了慢性肾病的组学图景。在基因组学方面,全基因组关联研究已经识别出与慢性肾病风险相关的多个基因多态性,特别是单核苷酸多态性,并揭示了不同种族人群间的差异。孟德尔随机化研究进一步阐明了这些遗传变异与慢性肾病发生发展之间的因果关系。表观基因组学研究则关注DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA等表观遗传修饰在慢性肾病中的作用,并指出表观遗传风险评分可以用于慢性肾病分级和疾病进展预测。转录组学研究,特别是单细胞RNA测序和空间转录组学技术的应用,则能够识别关键肾脏细胞类型及其对损伤的反应,并揭示了特定药物作用的分子机制。蛋白质组学和代谢组学研究则发现了许多新的慢性肾病生物标志物,例如与肾功能和慢性肾病诊断相关的蛋白质,以及与线粒体功能障碍和疾病进展相关的代谢物。空间组学技术的应用,则进一步揭示了不同肾脏区域的分子异质性和细胞特异性反应,为慢性肾病的精准治疗提供了新的思路。

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文章接下来讨论了用于分析慢性肾病组学数据的统计和机器学习方法。文章重点介绍了监督学习和非监督学习方法在慢性肾病相关表型预测、疾病分期和生物标志物发现中的应用。监督学习方法,例如逻辑回归、支持向量机、随机森林和深度学习,被广泛用于预测慢性肾病相关疾病(如2型糖尿病肾病)的发生发展,并识别潜在的生物标志物。非监督学习方法,例如主成分分析、t-分布随机邻域嵌入和均匀流形逼近和投影,则被用于探索组学数据中的隐藏模式,进行降维和可视化分析,从而发现疾病亚型或新的生物学机制。文章还详细介绍了多组学数据整合方法,例如“迪亚波罗”和“优先-拉索”,这些方法能够有效地整合来自不同组学平台的数据,提高模型的预测能力和生物学解释性。此外,文章还讨论了网络分析方法在慢性肾病研究中的应用,例如蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、加权基因共表达网络分析以及图形拉索等方法,这些方法可以帮助识别关键的分子通路和潜在的药物靶点。

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文章的第三部分重点关注组学发现的转化价值,强调了生物学验证和临床验证的重要性。文章指出,许多研究缺乏外部队列的验证,这限制了其临床应用价值。文章也简要介绍了人工智能发现药物的临床试验成功率,指出虽然人工智能在药物发现方面展现出巨大的潜力,但目前在肾脏病领域,人工智能发现的药物进入临床试验的案例仍然有限。
文章的第四部分深入探讨了人工智能在慢性肾病管理中的经济性和成本效益。文章指出,人工智能驱动的早期诊断和个性化治疗可以显著降低慢性肾病的治疗成本,避免不必要的医疗资源浪费。人工智能可以帮助识别高危患者,实现早期干预,从而延缓疾病进展,减少对昂贵治疗手段(如透析和移植)的依赖。文章还比较了人工智能诊断工具和人工智能治疗管理的成本效益,并讨论了健康经济模型和成本效益模型在评估人工智能经济影响中的作用。然而,文章也指出了在建模人工智能经济影响时面临的挑战,例如传统模型难以捕捉人工智能的动态特性,以及成本效益模型往往更关注短期效益而忽略长期效益等。

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文章的最后部分展望了人工智能在慢性肾病领域未来的发展方向。文章指出,未来需要进一步提高组学数据的可用性,加强机器学习研究结果的验证,并开发更经济高效的人工智能算法和工具。此外,还需要制定相应的政策,规范人工智能在医疗领域的应用,确保其安全性和可靠性。文章强调了多学科合作的重要性,只有通过数据科学家、临床医生、生物信息学家和政策制定者之间的紧密合作,才能将人工智能技术真正应用于慢性肾病的临床实践,最终实现慢性肾病的经济高效的精准医疗。文章也提到了未来人工智能在慢性肾病预防性护理中的应用潜力,以及改进人工智能可解释性以提高临床医生和患者信任度的重要性。总之,文章对基于组学驱动的机器学习在慢性肾病精准医疗中的应用进行了全面的综述,并指出了未来研究的重点方向。

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