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《“大语言模型-匹配”: 基于大语言模型与检索增强生成技术的开源患者匹配模型》是一篇学术论文,发表于美国梅奥医院多科室合作的研究成果中。文章提出了一种新颖的患者-临床试验匹配框架“大语言模型-匹配”,利用开源大语言模型和检索增强生成技术,旨在通过自动化方式提升患者与临床试验匹配的效率与准确性。研究聚焦于解决传统患者匹配中的瓶颈问题,结合自然语言处理和深度学习技术,处理电子病历中的非结构化数据,最终在多个公开数据集上取得了优于现有方法的性能。本文不仅提供了技术创新,还通过使用开源模型和透明的实施方式,为临床研究领域提供了可扩展、低成本的解决方案。

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研究背景与重要性

临床试验是推动医学进步的核心,但患者招募一直是其主要瓶颈。研究指出,80%的临床试验因招募效率低下而无法按时完成,导致严重的财务和科学损失。传统的患者匹配依赖人工筛选,临床协调员需手动比对电子病历与复杂的试验资格标准,这一过程耗时且易出错。电子病历中包含大量非结构化文本(如医生笔记、诊断报告等),增加了匹配难度。近年来,基于规则的系统和深度学习方法尝试解决这一难题,但这些方法要么缺乏泛化能力,要么无法充分利用非结构化数据。随着大语言模型(LLMs)的兴起,“临床试验GPT”等方法展示了利用大语言模型处理自由文本标准的潜力,但依赖商业模型(如GPT-4)带来了隐私和成本问题,且生成式模型的输出缺乏结构化决策能力。本研究通过提出“大语言模型-匹配”框架,结合检索增强生成技术和开源大语言模型,克服了这些挑战,为患者-试验匹配提供了更高效、透明的解决方案。

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方法与技术创新

“大语言模型-匹配”框架由四个核心模块组成,系统性地处理非结构化电子病历数据与试验标准:

1、检索增强生成(RAG)模块:该模块从大规模非结构化电子病历数据中检索最相关的患者记录,确保只有相关信息输入到大语言模型中。通过过滤不相关数据并提供上下文化输入,减少了无关数据干扰,提高了匹配效率。

2、提示词生成模块:将检索到的临床数据、试验标准(包括纳入和排除条件)及系统指令整合,生成结构化输入提示词,确保模型接收到的信息上下文丰富且格式优化,提升理解和推理能力。

3、微调模块:基于开源模型,使用生成提示和真实标签进行监督微调。创新性地引入“分类头”,优化模型参数,使其更适合结构化决策任务,以增强模型的可解释性和决策能力。

4、评估模块:该模块使用基准数据集和真实世界的临床试验数据验证模型性能,确保模型的可靠性和泛化能力。

该框架的创新点在于结合检索增强生成与分类头的微调策略,避免了生成式模型的模糊输出,提升了决策的精确性和可解释性。此外,独家使用开源模型降低了隐私风险和成本,提高了研究的可重现性。

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局限性与未来工作

尽管“大语言模型-匹配”在多个数据集上表现出色,但仍存在一些局限性。首先,当前的研究使用的是合成数据集,而非真实的电子病历数据,这可能会影响模型在真实临床环境中的表现。其次,“大语言模型-匹配”在处理时间依赖性因素和支持较大的token规模方面仍有改进空间。未来的工作可以探索强化学习技术,以进一步增强模型的决策能力,并适应不断变化的临床试验标准。

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结论

“大语言模型-匹配”通过结合检索增强生成和微调技术,提供了一种高效、准确的患者与临床试验匹配解决方案。实验结果表明,“大语言模型-匹配”在多个基准数据集上均优于现有方法,特别是在处理类别不平衡和复杂资格标准方面表现出色。与依赖封闭模型的现有方法不同,“大语言模型-匹配”完全基于开源模型,提供了更高的透明度和可定制性,为临床研究中的患者招募提供了一种可泛化的自动化解决方案。

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