背景

方法
采用生物信息学方法,整合3个中药数据库和1个人类疾病数据库,建立柚皮素-氧化应激(OS)和柚皮素-脂质代谢(LM)两个柚皮素靶向高脂血症模块。来自1871种基因仪器的1850种蛋白质的数据来自先前的七项研究。
基于综合流行病学单位全基因组关联研究数据的孟德尔随机化(病例,n = 5,153;对照,n = 344,069),确定了潜在的药物靶点,随后在UK Biobank(396,565人)和FinnGen(412,181人)队列中进行了验证。通过分子对接和分子动力学模拟验证柚皮素与致病蛋白的结合能力。
血浆中载脂蛋白B (APOB)每增加一个标准差与高脂血症风险增加相关(优势比[OR] = 9.37, 95%可信区间[CI], 5.12-17.12;P = 3.58e-13;假设4的后验概率[PPH4] = 0.997),蛋白转化酶subtilisin/ keexin 9型的后验概率也相同(OR = 1.81, 95% CI, 1.51-2.16;P = 6.87e-11;PPH4 = 1)和neurocan (OR = 2.34, 95% CI, 1.82-3.01;P = 4.09e-11;Pph4 = 0.932)。
两个模块的交叉和孟德尔随机化结果确定APOB是柚皮素治疗高脂血症的关键调控靶点。柚皮素与APOB的结合能为-7.7 kcal/mol。此外,还分析了蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质-疾病网络,以揭示蛋白质与高脂血症之间的潜在联系。
基于孟德尔随机化的联合分析为阐明柚皮素的药理作用和确定候选蛋白提供了一个强有力的框架,以进一步研究高脂血症治疗的背景。